Niekiedy, powikłaniem leczenia antybiotykami o szerokim spektrum działania są oporne na leczenie zakażenia jelit
Najgroźniejszym jest, wywołane przez toksyny gram dodatniej, beztlenowej laseczki Clostridium difficile, rzekomobłoniaste zapalenie jelit. W leczeniu można stosować metronidazol, wankomycynę, teikoplaninę, ryfampicynę, bacytracynę oraz kwasu fusydowy. Jednak leczenie nie zawsze jest skuteczne, a u niektórych chorych dochodzi do uporczywych nawrotów, mogących częstymi biegunkami wyniszczyć organizm. Wówczas, jedynym sposobem pomocy takim pacjentom była wlewka doodbytnicza z kału zdrowej osoby, przywracająca fizjologiczną florę bakteryjną.
Nowym rozwiązaniem jest sposób opracowany na oddziale chorób zakaźnych Uniwersytetu w Calgary. Polega on na sporządzeniu kapsułek zawierających potrzebne mikroby pobrane ze stolca osoby zdrowej, najlepiej spokrewnionej z pacjentem. Chory otrzymuje ok. 30 kapsułek z nowymi bakteriami, które odtwarzają u niego prawidłową florę. Kapsułki nie mają zapachu i nie rozpadają się w żołądku, a zawarte z nich bakterie uwalniane są dopiero w jelicie grubym.
